L' Observatoire de la Santé a été créé en 1992 conjointement par le Collège réuni de la Commission communautaire commune de Bruxelles-Capitale et la Députation permanente de la Province de Brabant. Cet Observatoire bicommunautaire a pour objectif d'être un outil d'aide à l'élaboration d'une politique cohérente de santé dans la Région bilingue de Bruxelles-Capitale.

Le 1er janvier 1995, la scission de la province de Brabant devient définitive ; l'Observatoire dépend alors uniquement du Collège réuni de la Commission communautaire commune, compétent pour la Politique de la Santé.

Pour garantir le bon fonctionnement de l'Observatoire dans le cadre de l'administration de la Commission communautaire commune et un travail scientifique indépendant, l'Observatoire de la santé est devenu un service à gestion séparée en vertu de l'ordonnance du 27 avril 1995.

Une nouvelle équipe est mise en place en mai 1999.

Par ordonnance du 19 juillet 2001, les missions de l'Observatoire sont étendues au "social" et y incluent entre autres l'élaboration du rapport sur l'état de la pauvreté de la Région de Bruxelles-Capitale. Il change de dénomination et devient ainsi "L'Observatoire de la Santé et du Social". Par ce changement de dénomination, les autorités reconnaissent clairement que les facteurs socio-économiques ont une grande influence sur la santé et inversement.

Cette ordonnance est abrogée par l'article 98 de l'ordonnance du 21 novembre 2006 (entrée en vigueur le 1er janvier 2007) et l’Observatoire devient alors le service d’étude des services du Collège réuni de la Commission communautaire commune.
Ses missions définies dans l’ordonnance du 19 juillet 2001, ont été reprises dans l'article 5 de l'Arrêté du Collège réuni portant sur le statut des membres du personnel des Services du Collège réuni.